城市地下軌道（軌道4、5、6號線）交通，交通換乘大廳，交通接駁設(shè)施（長途汽車、常規(guī)公交、出租車、社會車輛等場站設(shè)施）及口岸設(shè)施，綜合開發(fā)等，是深圳市最重要的客運交通樞紐，樞紐車站南北方向布置。國鐵站房及軌道將擬建的樞紐地鐵分為東西兩大部分，即東廣場和西廣場。整體上樞紐地塊形成三部分：即鐵路站場、樞紐東廣場、樞紐西廣場，東廣場設(shè)計標(biāo)高80 m，西廣場設(shè)計標(biāo)高90 m。新深圳站基本上是南北方向稍偏西，場地西部布設(shè)入口在東側(cè)，其軌頂標(biāo)高為80.29m，站臺標(biāo)高為81.54m，站廳標(biāo)高在90m，站臺設(shè)在80m，4、6號線龍華站平行鐵路站臺與新區(qū)大道以高架站形式布置于樞紐東廣場，在新深圳站東廣場二層大平臺（絕對標(biāo)高90m）設(shè)置4、6號線站廳公共區(qū)，站臺設(shè)于大平臺上面高架三層（絕對標(biāo)高103m左右）。
軌道交通5號線，橫穿深圳市東西緯線，其龍華站垂直于地鐵4、6號線和新深圳站站臺布置，站臺位于地下一層，軌頂控制標(biāo)高為71m，站廳設(shè)于地面（絕對標(biāo)高80m處）與地鐵4、6號線“十字”換乘。
新區(qū)大道位于4、6號線與新深圳火車站之間，位于5號線下方，地下二層與樞紐內(nèi)部無人流車流交換，最大下穿高度為17m。
場內(nèi)東西穿越既有的平南鐵路改移后緊靠留仙大道，按雙線設(shè)計并與客運站垂直布置，地下穿越樞紐場區(qū)，控制軌頂標(biāo)高為69.04m。
