1、大熊貓保護(hù)。大熊貓分布在四川、陜西和甘肅的狹小地帶，野外種群數(shù)量1000只左右。目前川陜甘三省共建立了34個(gè)大熊貓保護(hù)區(qū)，總面積176萬公頃，共有棲息地約65.3萬公頃。進(jìn)一步完善現(xiàn)有保護(hù)區(qū)的基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)；在大熊貓集中分布區(qū)新建28處保護(hù)區(qū)，總面積達(dá)到37.5萬公頃；建立17條大熊貓走廓帶，改善并恢復(fù)33萬公頃的大熊貓棲息地；在55個(gè)大熊貓分布縣建立縣級保護(hù)站，加強(qiáng)對大熊貓及棲息地的保護(hù)管理。同時(shí)，加強(qiáng)大熊貓飼養(yǎng)繁殖才野外放歸等研究，擴(kuò)大野生種群數(shù)量。
　　2、朱鹮保護(hù)。 朱鹮是世界著名的瀕危鳥類。60年代后曾一度被認(rèn)為已經(jīng)滅絕。1981年5月在陜西省洋縣重新發(fā)現(xiàn)7只繁殖群體，經(jīng)過20年的保護(hù)，現(xiàn)已發(fā)展到248只。但是，仍處于瀕危狀態(tài)。在朱鹮覓食地區(qū)盡快恢復(fù)天然濕地，及時(shí)建立人工模擬濕地共2000公頃，擴(kuò)大朱鹮的棲息地面積，保證充足的食物供應(yīng)。選擇適宜的重引入?yún)^(qū)域，建立2～3處異地繁育種群，使新建保護(hù)區(qū)面積達(dá)到20萬公頃。加強(qiáng)人工繁殖研究，在現(xiàn)有朱鹮繁殖研究中心的基礎(chǔ)上，再建2－3處人工繁育基地，使人工種群達(dá)到550只。
　　3、老虎保護(hù)。虎是大型貓科動物，歷史上曾有5個(gè)亞種廣泛分布于我國，目前僅存4個(gè)亞種，即中國虎（又稱華南虎）、東北虎、孟加拉虎和印支虎，野外種群數(shù)量不足百只。重點(diǎn)加強(qiáng)15個(gè)現(xiàn)有虎保護(hù)區(qū)的建設(shè)，總面積達(dá)169萬公頃；再建2處東北虎自然保護(hù)區(qū)，改善棲息地1萬公頃，使保護(hù)面積達(dá)到35萬公頃；在保護(hù)區(qū)之外虎分布的23個(gè)縣，建立保護(hù)站，管護(hù)面積達(dá)到194萬公頃。同時(shí)選擇適宜地點(diǎn)建立4處種源繁育基地，進(jìn)行野外放歸試驗(yàn)，補(bǔ)充并擴(kuò)大野外種群數(shù)量。
　　4、金絲猴保護(hù)。 金絲猴是我國珍稀特有動物，有川金絲猴、黔金絲猴和滇金絲猴，主要分布于四川、云南、貴州、西藏、陜西、甘肅、湖北7省區(qū)。目前，已在金絲猴分布區(qū)建立自然保護(hù)區(qū)30多處，面積達(dá)160多萬公頃。工程重點(diǎn)加強(qiáng)現(xiàn)有金絲猴保護(hù)區(qū)建設(shè)，再建1處金絲猴自然保護(hù)區(qū)，面積2.4萬公頃。在自然保護(hù)區(qū)以外的金絲猴重點(diǎn)棲息地，建立22個(gè)保護(hù)站。同進(jìn)建立3處人工繁育基地，擴(kuò)大人工飼養(yǎng)種群，選擇合適生境，進(jìn)行野外放歸試驗(yàn)。
　　5、藏羚羊保護(hù)。 藏羚羊是我國青藏高原特產(chǎn)動物。80年代以來，藏羚羊種群總數(shù)急劇下降。目前全國已建藏羚羊保護(hù)區(qū)3處，總面積3880萬公頃。將進(jìn)一步加大已建保護(hù)區(qū)建設(shè)，完善保護(hù)管理機(jī)構(gòu)和管理站點(diǎn)的建設(shè)；在西藏、青海和新疆建立3處禁獵區(qū)，使禁獵區(qū)面積達(dá)到800萬公頃。
　　6、揚(yáng)子鱷保護(hù)。揚(yáng)子鱷僅分布于皖南山系以北，海拔200米以下的丘陵地帶的水塘中，野外種群僅有幾百條。經(jīng)過努力，已經(jīng)解決了揚(yáng)子鱷人工繁殖等難題，現(xiàn)每年可人工繁殖揚(yáng)子鱷1000至2000條。規(guī)劃在原有保護(hù)區(qū)內(nèi)的基礎(chǔ)上，將周邊適合揚(yáng)子鱷棲息的2萬公頃劃入保護(hù)區(qū)范圍，新建4個(gè)保護(hù)站。加強(qiáng)人工繁育，使中下游揚(yáng)子鱷原分布區(qū)內(nèi)選擇合適地段劃建3處揚(yáng)子鱷人工放養(yǎng)區(qū)，使人工放養(yǎng)區(qū)面積達(dá)到6萬公頃。
　　7、大象保護(hù)。我國野生亞洲象約有200至270頭，集中在云南西雙版納、思茅等地州。由于棲息地的縮小、偷獵和人口增長等原因，給亞洲象的生存和棲息帶來極大的干擾和威脅。不斷完善西雙版納和南滾河2處自然保護(hù)區(qū)垢建設(shè)，擴(kuò)大保護(hù)區(qū)面積。在保護(hù)區(qū)外亞洲象約10萬公頃的活動區(qū)域建立保護(hù)站；建立亞洲象馴養(yǎng)繁殖中心，擴(kuò)大人工飼養(yǎng)種群，杜絕野外獵捕大象。
　　8、長臂猿保護(hù)。我國有黑長臂猿、白眉長臂猿、白掌長臂猿和白頰長臂猿4個(gè)種，主要分布在云南、海南等省，野外種群數(shù)量有足500只。目前，全國共建有涉及長臂猿的保護(hù)區(qū)13處，面積60多萬公頃。規(guī)劃擴(kuò)建長臂主要分布的自然保護(hù)區(qū)2萬公頃，恢復(fù)片斷森林間的植被，連接島狀棲息地。在保護(hù)區(qū)外約40萬公頃的長臂猿棲息區(qū)域，建立12處保護(hù)站。建立2個(gè)長臂猿人工馴養(yǎng)繁殖中心，擴(kuò)大人工繁殖種群，進(jìn)行野化訓(xùn)練，促進(jìn)野外種群的恢復(fù)。
　　 9、麝保護(hù)。我國有原麝、林麝、馬麝、黑麝和喜馬拉雅麝5個(gè)種，曾廣泛分布于全國各地。由于大量捕殺及棲息地嚴(yán)重破壞，全國麝資源已由60年代的250萬頭左右下降到目前的20萬－30萬頭，主要分布范圍縮減至13個(gè)省區(qū)，面積約1萬公頃，涉及保護(hù)區(qū)約66處，面積884萬公頃。進(jìn)一步對麝資源相對多的自然保護(hù)區(qū)，加強(qiáng)基本建設(shè)和野外保護(hù)能力建設(shè)。在麝分布較為集中的地區(qū)建立4處禁獵區(qū)，禁獵區(qū)面積達(dá)到60萬公頃。在適宜區(qū)域選擇10－15處共約200萬公頃林地恢復(fù)和改善植被，進(jìn)行麝自然放養(yǎng)。建立2處麝的人工馴養(yǎng)繁殖基地，力爭在短時(shí)期內(nèi)在人工繁殖技術(shù)方面有重大突破。
　　 10、普氏原羚保護(hù)。普氏原羚是我國特產(chǎn)瀕危動物，曾廣泛分布于內(nèi)蒙古、寧夏、甘肅、青海、新疆等地。目前僅在青海湖周圍有少量分布，數(shù)量300只左右。工程將加強(qiáng)普氏原羚現(xiàn)棲息地──青海湖自然保護(hù)區(qū)的建設(shè)。擴(kuò)建保護(hù)區(qū)面積3萬公頃，對周邊約4萬公頃的覓食、活動區(qū)域進(jìn)行強(qiáng)化保護(hù)，建立保護(hù)站4處，改造和恢復(fù)棲息地約2萬公頃。建立圈養(yǎng)種群，攻克普氏原羚人工飼養(yǎng)繁殖難題。
　　 11、野生鹿類保護(hù)。鹿類動物具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，人工馴養(yǎng)利用歷史悠久。今后將重點(diǎn)加強(qiáng)海南坡鹿、麋鹿、梅花鹿、白唇鹿、駝鹿和馬鹿的保護(hù)，重點(diǎn)加強(qiáng)13處自然保護(hù)區(qū)的保護(hù)能力建設(shè)。在保護(hù)區(qū)周邊區(qū)域約1500萬公頃的棲息地，建立140處保護(hù)站，恢復(fù)和改善棲息地10萬公頃。建立6處人工繁育基地、4處狩獵和合理利用示范區(qū)，開展人工馴養(yǎng)梅花鹿和麋鹿的野外放歸。
　　 12、鶴類保護(hù)。世界鶴類現(xiàn)存15種，我國有記錄的9種，其中黑頸鶴、丹頂鶴、白頭鶴、白枕鶴、灰鶴、蓑羽鶴6種是繁殖鳥。現(xiàn)有鶴類自然保護(hù)區(qū)達(dá)40多個(gè)，面積1000多萬公頃。規(guī)劃期內(nèi)，重點(diǎn)完善已建保護(hù)區(qū)管理機(jī)構(gòu)和管理站點(diǎn)的建設(shè)，擴(kuò)大保護(hù)區(qū)的面積，保護(hù)濕地和棲息地環(huán)境。在鶴類繁殖地和遷飛停歇地建立保護(hù)站120，選擇性恢復(fù)和改善濕地4萬公頃；建立5處鶴類人工繁育基地，擴(kuò)大人工繁殖種群。
　　 13、野生雉類保護(hù)。全世界共有雉類183種，我國49種，其中18種為我國特有。加大現(xiàn)有保護(hù)黃腹角雉、褐馬雞、綠尾虹雉等10處雉類自然保護(hù)區(qū)建設(shè)力度，在陜西再建1處保護(hù)區(qū)，面積8000公頃。在保護(hù)區(qū)外約100萬公頃的主要分布區(qū)域建立保護(hù)站，在華東、西南、華并和東北選擇恢復(fù)和改善棲息地5萬公頃。
　　 14、蘭科植物保護(hù)。蘭科野生種均屬《瀕危野生動植物種國際貿(mào)易公約》的保護(hù)范圍，大多為珍稀瀕危種類，約有60－120種蘭科植物瀕臨滅絕。規(guī)劃期內(nèi)，在蘭科植物較為集中的區(qū)域，以及即將滅絕物種原產(chǎn)地，建立保護(hù)區(qū)和保護(hù)站。建立8處禁采區(qū)，面積40萬公頃。在全國范圍內(nèi)禁止亂采濫挖野生蘭花，嚴(yán)禁野生蘭花的市場貿(mào)易。建立蘭科植物移地保存物種基因庫和蘭花良種生產(chǎn)基地，開展蘭科植物繁育技術(shù)研究，推廣優(yōu)良的蘭科植物栽培物種和品種。
　　 15、蘇鐵保護(hù)。蘇鐵是現(xiàn)存最古老的裸子植物。全世界蘇鐵科有1屬約60種，我國約18種，主要分布在福建、廣東、廣西、四川、貴州和臺灣等地。保護(hù)的重點(diǎn)是我國特有的蘇鐵物種。進(jìn)一步加強(qiáng)四川、云南等省的3個(gè)自然保護(hù)區(qū)管理能力建設(shè)，在貴州新建1.5萬公頃的蘇鐵自然保護(hù)區(qū)。在其它蘇鐵重要分布區(qū)及原生地，建立保護(hù)站和監(jiān)測站點(diǎn)。建立蘇鐵母樹林保護(hù)基地，在云南四川建立人工培育基地。