1、兩者依據不同

  竣工決算審計依據《審計法》和審計署發(fā)《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為   （1）竣工決算編制依據；（2）項目建設及概（預）算執(zhí)行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產；（5）尾工工程；（6）結余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結余；（9）投資效益評價。

主要根據國家的審計法和相關規(guī)定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執(zhí)行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。

工程造價審計主要是根據國家有關法規(guī)和政策，依據國家建設行政主管部門頒發(fā)的工程定額工料消耗標準、取費標準以及人工、材料、機械臺班價格參數、設計圖紙和工程實物量，工程造價的確認和控制進行有效的監(jiān)督檢查。在工程項目實施階段，以承包合同為基礎，在竣工驗收后結合施工變更、工程簽證的情況，作出符合施工實際的竣工造價審查結果，它是承發(fā)包雙方結算的依據，也是工程決算的基礎資料和依據。

2、兩者標的不同

審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程造價審核以單位工種為標的，只對單位工程造價的合理負責。

3、兩者從業(yè)人員不同

審計與工程造價審核是兩個截然不同的專業(yè)學科，審計以會計師、審計師為主；而工程造價審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前國家正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程造價審核，將以造價工程師為主。

4、兩者法律效力不同

計機關和被審計單位是一種審計行政法律關系，審計機關的審計監(jiān)督只對被審計單位產生法律效力，對其它單位不產生連帶法律約束力。凡對建設單位投資項目進行的審計結果，對施工單位的造價結算不具有約束力。

5、兩者的目的不同

審計定義為：由獨立的機構和人員檢查被審計單位的會計憑證、會計帳本、會計報表以及其他與財政收支、財務收支有關資料和資產，監(jiān)督財政收支、財務收支是否真實、合法和有效的行為。審計的目的是加強對公有制投資者資金進行有效的控制，減少投資者濫用職權截留資金，轉移資金于小金庫，造成建設資金流失，實施違法違規(guī)行為。其職能是一種監(jiān)督行為。

工程造價審核是運用科學、技術原理和經濟法律手段，解決工程建設活動中工程造價的確定與控制．從而達到提高投資效益的經濟效益目的的行為，是確定造價的實施過程和行為。